1983 är den säregne filmregissören Mats Helge Olsson uträknad av alla. Han har precis avtjänat ett fängelsestraff efter att ensam ha tagit den ekonomiska smällen för Sverige åt svenskarna, det största fiasko som någonsin skakat Filmsverige. Men han ger sig inte. Mats Helge Olsson ska visa belackarna att han kan.
Samtidigt som vhs-bandspelaren dyker upp i våra vardagsrum kokar han ihop ett nytt manus tillsammans med en excentrisk filmproducent och Sveriges enda ninja. Samarbetet resulterar i en spektakulär actionfilm som spelas in utanför Lidköping. The Ninja Mission blir en internationell megasuccé på hyrvideomarknaden, men pengarna når aldrig Mats Helge och filmteamet från Västergötland. Ett helt gäng filmer spelas in i ett försök att upprepa succén, men spiralen går bara nedåt. Några år in på 90-talet lämnar han strålkastarljuset för gott. Idag är det ingen som vet var Mats Helge Olsson befinner sig.
I Regissören som försvann träffar vi barndomsvänner, skådespelare, filmarbetare och skribenter som berättar om en målmedveten och utdömd begåvning som fick ta del av enorm framgång och ännu hårdare bakslag.